Как правило, топонимы, при которых есть нарицательное существительное, не склоняются. Вероятность того, что топоним всё-таки будет склоняться, зависит от того, какое нарицательное существительное при нём стоит.

1.1. Чаще других склоняются топонимы, при которых есть слово город или село.

Топонимы на -ово (-ево), -ыно (-ино) со словом город (городок) встречаются в общем корпусе 106 раз, из них в 78% (83 примера) топоним не склоняется, в 22% (23) — склоняется. В газетном корпусе примеров, где топоним не склоняется, 89% (532), где склоняется — 11% (64).

Примеры:

Двухэтажный автобус марки «Сетра», зарегистрированный в Туле, направлялся из города Иваново в Феодосию. [«Дипломатический вестник», 2004.07.27]

Жители города Павлово Нижегородской области стали свидетелями страшной трагедии. [Труд-7, 2007.02.14]

Уже в следующем году будет построено продолжение Софийской улицы, которое соединит южные районы города со строящимися автомобильными заводами в Шушарах и с городом Колпином, сообщил вчера на пресс-конференции председатель комитета Олег Виролайнен. [РБК Daily, 2007.10.19]

Уже через полтора часа всех пострадавших подготовили доставили в Центральную районную больницу города Колпашева. [Комсомольская правда, 2007.09.18]

Слово село (сельцо) встретилось в нужном контексте 121 раз в общем корпусе и 723 — в газетном; в общем корпусе примеров, где топоним при нём склоняется, — 18% (22), в газетном — 4% (28).

Примеры:

Один детский дом на 60 человек действует на Кутузовском проспекте в Москве, второй на 80 детей ― в подмосковном селе Томилино. [Лидия Вертинская. Синяя птица любви (2004)]

Эта церковь лежит в руинах в селе Коптелово Алапаевского района. [«Семья», 2000.01.19]

В селе Измайлове ― «три сада да огород». [С. А. Еремеева. Лекции по русскому искусству (2000)]

На Пасху 2003 года, за несколько дней до своей кончины, он сослужил за утреней и Божественной литургией в Николо-Волосовском женском монастыре в селе Волосове Собинского района. [«Журнал Московской патриархии», 2004.05.24]

Таким образом, в общем корпусе топонимы, при которых встречаются слова город (городок), село (сельцо), склоняются в 20% случаев, в газетном корпусе — в 7% случаев.

Интересно, что склоняемые и не склоняемые формы могут встречаться в одном тексте:

Еще одну взятку мэр города Фокино получил для передачи главному архитектору за ускоренную подготовку документов. [Труд-7, 2007.02.14]

Пока им по зубам только мэр маленького города Фокина. [Труд-7, 2007.02.14]

1.2. Во всех остальных случаях топоним, при котором есть нарицательное существительное, не склоняется.

Так, слово деревня (деревенька) встречается в данном контексте 182 раза в общем корпусе и 786 — в газетном. Лишь в трёх случаях (<1%) топоним при нём склоняется.

Примеры:

Вспоминалась и другая дача, которую родители снимали недалеко от Кускова, в деревне Новогиреево, у тети Дуни. [Лев Дурнов. Жизнь врача. Записки обыкновенного человека (2001)]

«А в деревне Гадюкино ― дожди, ― думала Катерина. ― Надо же, привязалась какая-то глупость… » [Татьяна Устинова. Персональный ангел (2002)]

На этот раз наш Дом творчества был закрыт, и мы с моей подругой художницей Наташей Земблиновой сняли комнату в избе у старушки в деревне Почеве. [Лидия Вертинская. Синяя птица любви (2004)]

Уютный деревянный дом-сарайчик стоит себе где-то в деревне Кучине Владимирской области. [Комсомольская правда, 2005.06.13]

NB: в первом примере автор склоняет Кусково (без нарицательного существительного), но не склоняет Новогиреево (с нарицательным существительным деревня).

Из 192 употреблений слов район и микрорайон с названием — именем собственным только в 3% случаев (6 примеров) топоним склоняется.

Примеры:

Экстренно госпитализировать в больницу попавшего под машину пони пришлось вчера вечером из столичного района Митино. [«Вечерняя Москва», 2002.03.14]

А второй косолапый мирно прогуливался по улицам питерского района Купчино. [Комсомольская правда, 2001.11.28]

Тогда ГТК выставил наружное наблюдение и узнал, что растаможенная мебель свозится в бомбоубежище московского района Митина. [Комсомольская правда, 2007.01.31]

Не склоняются также топонимы, обозначающие не населённые пункты и имеющие при себе соответствующие имена собственные: аэропорт, аэродром, станция, усадьба, музей, лесопарк. В основном корпусе 262 вхождения таких сочетаний, в газетном — 2515.

Примеры:

Первый (преимущественно для конкурсантов из центральной России) по традиции состоится во второй половине сентября в подмосковном музее-усадьбе «Остафьево». [Труд-7, 2001.08.02]

Взяла их случайно железнодорожная охрана возле станции Карпушино. [Комсомольская правда, 2001.06.09]

Лишь в одном примере встретилась склоняемая форма:

Уже на следующий день, т.е. 5 февраля, сотрудники прокуратуры отобрали письменные объяснения у девятерых бортпроводников, летевших тем рейсом из Пекина, и двух сотрудников милиции аэропорта «Шереметьева». [«Богатей» (Саратов), 2003.03.20]

Ср.:

Вася, мой самый дорогой друг еще с институтских годов, размахивал руками и орал на весь зал аэропорта Шереметьево: ― Единогласно, единогласно! Поздравляю! Ни одного голоса против! .. [Эльдар Рязанов. Подведенные итоги (2000)]

Топонимы, при которых есть нарицательное существительное посёлок или селение, встречаются в корпусе 877 и раз и 43 раза соответственно. Первые склоняются лишь с одном примере, вторые во всех случаях не склоняются.

Примеры:

8-9 февраля в поселке Расторгуево прошло первенство Московской области по тяжелой атлетике среди юношей 1985 года рождения и моложе. [«Встреча» (Дубна), 2003.02.26]

Все эти нашумевшие экспедиции: унесенный штормягой матрос Щур, потонувшие суда и суденышки, пропавшие в ущелье надевять дней дети из селения Мейныпилгыно―все это издержки рыбоводочного бизнеса. [Комсомольская правда, 2001.01.10]

В программе значилось возложение цветов к памятнику погибшим за Родину в поселке Атепцеве. [Комсомольская правда, 2004.07.28]

2.1. Топонимы на -ово (-ево), -ыно (-ино) без нарицательного существительного чаще встречаются в склоняемой форме, чем в несклоняемой (в полтора раза чаще — в общем корпусе и в пять раз чаще — в газетном).

В таблице представлены результаты по семи употребительным топонимам:

Примеры:

Кроме того, в городе появятся новые трамвайные линии в Марьине, Новокосине, Митине, Куркине, Жулебине. [РБК Daily, 2007.12.06]

В Марьино в одном из двориков детвора играет в футбол. [Труд-7, 2007.07.14]

Исключение составили названия аэропортов, для которых несклоняемый вариант оказался в 2-3 раза частотней:

Примеры:

Сотрудники Домодедова заботятся о пассажирах не только на земле, но и в небе. [Труд-7, 2000.05.26]

Однако по ошибке представитель столичной туристической фирмы увезла группу школьников не в тот аэропорт ― в Шереметьево вместо Домодедово. [Труд-7, 2002.07.16]

2.2. Топонимы на -ово (-ево), -ыно (-ино) с иностранными корнями

Некоторые топонимы с иностранными корнями не склоняются. Например, название ингушского села Экажево в косвенных падежах встречается 1 раз в основном и 30 раз — в газетном корпусе. Во всех случаях оно не склоняется:

В селе Экажево совершено вооруженное нападение на автомобиль с двумя местными жителями. [Труд-7, 2007.08.31]

Однако, например, татарский топоним Муслюмово в 29 из 42 случаев (газетный корпус) склоняется:

Дома в Муслюмове покосившиеся, кривые, в огородах бурьян. [Известия, 2007.07.12]

Видимо, в каждом случае форма топонима определяется тем, насколько он освоен русским языком или конкретным носителем.

2.3. Названия станций метро

Названия станций метро никогда не склоняются, в том числе в тех случаях, когда при них нет нарицательного существительного:

Перегон от «Марьино» до «Зябликово» ― с юга. [Комсомольская правда, 2007.08.21]

Бутовскую линию продлят до Новокурьянова, а Таганско-Краснопресненскую от «Выхино» до Жулебино. [Труд-7, 2005.07.13]